碱基：是指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。
DNA和RNA的主要碱基略有不同，其重要区别是：胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶碱，在RNA中极少见；相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶碱，在DNA中则是稀有的。除主要碱基外，核酸中也有一些含量很少的稀有碱基。稀有碱基的结构多种多样，多半是主要碱基的甲基衍生物。tRNA往往含有较多的稀有碱基，有的tRNA含有的稀有碱基达到10%。嘌呤和嘧啶碱基是近乎平面的分子，相对难溶于水：在约260纳米的紫外光区有较强的吸收。
碱基对：形成DNA、RNA单体以及编码遗传信息的化学结构。组成碱基对的碱基包括A—腺嘌呤、G—鸟嘌呤、T—胸腺嘧啶、C—胞嘧啶、U—尿嘧啶。严格地说，碱基对是一对相互匹配的碱基（即A—T， G—C，A—U相互作用）被氢键连接起来。然而，它常被用来衡量DNA和RNA的长度（尽管RNA是单链）。它还与核苷酸互换使用，尽管后者是由一个五碳糖、磷酸和一个碱基组成。
碱基对简称 bp(Base Pair，bp)对于双链核酸。对于单链核酸，kb指千碱基
